木曽馬（きそうま）は、長野県木曽地域（木曽郡）を中心に飼育されている日本在来種の馬で、岐阜県飛騨地方でも飼育されています。

日本在来種は他に北海道和種（北海道、俗称：道産子）、野間馬（愛媛県今治市野間）、対州馬（長崎県対馬市）、御崎馬（宮崎県都井岬）、トカラ馬（鹿児島県トカラ列島）、宮古馬（沖縄県宮古諸島）、与那国馬（沖縄県八重山諸島）がいますが、本州の在来種は木曽馬のみです。

一時絶滅寸前であったが木曽馬保存会が中心に活動が行なわれた結果、飼育数は増加。しかし以前のような乗用、農耕を目的とした需要はなく、現在は200頭以下となっています。

起源ははっきりしていませんが、元々は蒙古の大陸系の馬とされ、一説では紀元前1世紀の漢で改良された「蒙古草原馬」が2～3世紀、朝鮮半島経由で渡来したという。

この馬が木曽地域という山岳地帯で飼育された影響で、木曽馬となったとされています。

特徴としては、以下のものが挙げられます。

• 中型馬であり、平均体高（肩までの高さ）は雌で133cm、雄で136cm。体重350kg-420kg。
• 短足胴長であり、体幅が広い。
• 性格はおとなしいと言われているが、気性の激しい馬も多い。
• 山間部で飼育されていた為、足腰が強く、頑強。
• 後肢がX状になっている。また、蹄は外向姿勢である。
• 蹄が堅い。農耕に使役する程度なら蹄鉄を打たなくてもよい。
• 草のみでも飼育可能。木曽馬の盲腸の長さは洋種馬に比べ30cm程長く、太さも2倍ほどあるため。