主人公であるミドリマキバオー（うんこたれ蔵）が、北海道勇払郡鵡川町の「みどり牧場」にて生まれるところから物語は始まる。

母のミドリコが借金のカタに堀江牧場（通称・ひげ牧場）に売られてしまったため、たれ蔵は母親に会いたい一心で、みどり牧場から脱出。

道中、とある森の中で後の親分肌となるネズミのチュウ兵衛と出会い、さまざまな困難を経て、母親と再会を果たすのだが…。

その後、カスケードらライバルとの出会い、競走などによって、たれ蔵は競走馬「ミドリマキバオー」として成長していく。

たいようのマキバオーは1994年から1998年まで『週刊少年ジャンプ』（集英社）にて連載されていた競馬漫画『みどりのマキバオー』の続編。

ハルウララの人気で注目された高知競馬場を舞台に、一見不条理で非現実的な作風ながら、同時に地方競馬を舞台に世相や競馬界の抱えるさまざまな問題点を描き出すリアルさを持つことが特徴。

当初は中央競馬 (JRA) デビューを目指し中央の厩舎に入厩するも、生まれつきの脚部不安から適わず、高知の福留厩舎に転厩した。

現地ではその愛くるしい容姿から一躍高知競馬のアイドルホースとなり、県外からもファンが訪れるほどの人気を誇っていたが、実態は経営難に喘ぐ地方競馬場の運営資金を賄うための客寄せパンダに過ぎなかった…。

私生活・騎手生活ともにいい加減な日々を送っていた氷室翔。

しかしあるときあまりに怠惰な騎乗ぶりに対して八百長の疑惑をかけられ、競馬界から干されてしまう。

大山の紹介により土川の下で修行を積んだ氷室は騎乗技術を向上させることに成功し、やがて土川が生産した競走馬・シンケンとともにクラシック制覇を目指す。

東京都内の有名進学校に通う久世駿平は、春休みに北海道旅行へとバイクで出かけ、ひょんなことから競馬馬生産の渡会（わたらい）牧場と関わることになる。

そこで馬とふれあう中でその魅力に惹かれ、日本一の競走馬の育成を目標とするようになる。

親との葛藤、恋愛、結婚といった人生の様々な出来事を体験し、思春期の少年は一人の大人へと育っていく。

北海道・日高の競走馬生産牧場に生まれ、常に馬と共にある人生を歩んできた二階堂駿は、かつて父を死に追いやり、生まれ育った土地をも奪ったアイルランドの牧場「ウイニング・スタッド」が再び日本進出を目論んでいることを知る。

そこで駿は、彼らに自分たち家族の無念を晴らすため、そして日高に住む生産者たちを自分たちのような目に遭わせないため、自らが牧場を経営し対抗しようと考える。

競馬学校の騎手課程に所属する上杉圭は、競馬への不適性を理由に処分されるところであった練習馬、フラワーカンパニーの能力を看破する。

課程終盤の中山競馬場での模擬レースにてフラワーカンパニーと上杉とのコンビは優勝をつかみかけるが、フラワーカンパニーに骨折が発生し、同馬は競走中止、薬殺処分を受ける。

上杉はこの事故により騎手への道を諦めかけるが、フラワーカンパニー馬主の加奈崎由香にフラワーカンパニーの弟トビオを見せられて改めて騎手になることを決める。