検疫は、馬の場合、家畜伝染病予防法（昭和26年法律第166号）に定められた「輸出入検疫」のことを指します。

馬の場合、基本的には輸出の時5日間、輸入時10日間のけい留検査が実施されています。

ジャパンカップ競走などの国際招待競走に出走するために一時的に入国する外国馬については、競馬学校内にある国際厩舎地区が、農林水産大臣より検査場所として指定を受けた上で、けい留検疫の施設として使用されています。

この場合には、輸入検疫期間は5日間に短縮され、海外遠征をした日本馬は、帰国後5日間の輸入検疫のあと、3週間の着地検査が必要となります。

また、牧場からトレセンや競馬場に入厩する際にも、数時間から1日、検疫馬房に拘束され検査（入厩検疫）されることになっています。